[1]重点確認事項
　厚生労働省は、重点的に確認する事項として、以下の4点を示しています。

1. 時間外・休日労働が「時間外・休日労働に関する協定届」（36協定届）の範囲内であるか等について確認し、法違反が認められた場合は是正指導を行う。
2. 賃金不払残業が行われていないかについて確認し、法違反が認められた場合は是正指導を行う。
3. 不適切な労働時間管理については、労働時間を適正に把握するよう指導する。
4. 長時間労働者に対しては、医師による面接指導等、健康確保措置が確実に講じられるよう指導する。

[2]労働時間の適正把握
　日ごろの労務管理の中では、上記4点のうち、特に3.の労働時間の適正把握が重要です。
　労働時間の把握については、「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」が示されており、労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置として、会社は労働時間を適正に把握するため、従業員の労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、これを記録することが求められています。出勤簿で出勤の有無を把握するだけでは不十分で、業務を開始した時刻・業務を終了した時刻の把握が必要です。
　また、自己申告制で労働時間を把握しているケースでは、自己申告により把握した労働時間が実際の労働時間と合致しているか否かについて、必要に応じて実態調査を実施し、所要の労働時間の補正を行う必要があります。併せて、自己申告した労働時間を超えて事業場内に残っている時間について、その理由等を従業員に報告させる場合には、その報告が適正に行われているかを、確認する必要があります。
　その他、実際によくあるケースとして時間外・休日労働について、タイムカード等の記録とは別に従業員からの申請を受け、タイムカード等の記録と併用しつつ、時間管理を行っていることがあります。申請のあった時間外・休日労働の時間とタイムカード等に記録されている時間に乖離が生じている場合は、時間外・休日労働の時間の申請が適正か否かについて確認する必要があります。